2002年11月4日，时任国务院总理和东盟10国领导人一起签署了《我国-东盟全面经济合作结构协议》(简称《结构协议》)，这标志着我国与东盟的经贸合作进入了一个新的历史阶段。《结构协议》是未来自贸区的法令根底，共有16个条款，整体确认了我国-东盟自贸区的根本架构。
依据《结构协议》，我国-东盟自贸区将包含货物交易、服务交易、出资和经济合作等内容。其间货物交易是自贸区的核心内容，除触及国家安全、人类健康、公共道德、文化艺术维护等WTO答应破例的产品以及少量灵敏产品外，其它悉数产品的关税和交易约束办法都应逐渐撤销。
关于货物交易的商洽将从2003年头开端，2004年6月30日前完毕。关于服务交易和出资的商洽将从2003年开端，并应赶快完毕。在经济合作方面，两边商定将以农业、信息通讯技能、人力资源开发、出资促进和湄公河流域开发为要点，并逐渐向其他范畴拓宽。
《结构协议》规矩，我国和东盟两边从2005年起开端正常轨迹产品的降税；2010年我国与东盟老成员，即文莱、印度尼西亚、马来西亚、菲律宾、新加坡和泰国，将建成自贸区；2015年和东盟新成员，即越南、老挝、柬埔寨和缅甸，将建成自贸区。到时，我国与东盟的绝大多数产品将实施零关税，撤销非关税办法，两边的交易将完成自由化。
为使我国和东盟两边赶快享受到自贸区的优点，两边制定了“前期收成”计划，决议从2004年1月1日起对500多种产品(主要是《税则》第一章至第八章的农产品)实施降税，到2006年这一些产品的关税将降到0。
东盟中越南、老挝、柬埔寨没有参加WTO。为协助这些国家的开展，我国赞同给予东盟非WTO成员以多边最惠国待遇，行将我国参加WTO时的许诺适用于这些国家。
《结构协议》规矩，我国与东盟将制定原产地规矩，反倾销、反补贴、确保办法、争端处理机制等交易规矩，以确保未来我国-东盟自贸区的正常工作。
我国-东盟自由交易区建成后，将构成一个具有17亿顾客、近2万亿美元国内生产总值、1.2万亿美元交易总量的经济区。我国-东盟自由交易区将是世界上人口最多的自由交易区，也将是开展我国家组成的最大的自由交易区。它将为我国和东盟带来互利双赢的局势，为亚洲和世界经济的安稳和开展做出活跃的奉献。