科技孵化器，实质上是一个以促进科技成果转化、培养高新技术企业和企业家为宗旨的科技创业服务载体。作为创新创业的平台和载体，为科技型企业和创业者提供了专属和适宜的空间平台；作为中小企业的集聚地，集聚产业作为创新发展的好种子和好苗子；作为产业高质量发展的空间和平台，为大学生创业、文化创意产业高质量发展奠定基础。
科技孵化器却是一个十分复杂的综合体，首先它面对的是人，链接的运营商、创业者和各种服务商，这些群体都具有各种个性和特征，直接影响创业项目的实施；其次创业的项目具有行业属性，行业技术的成熟度，行业服务的成熟度等，直接影响项目的实施；再有创业项目具有区域性，区域的资源聚集情况，直接影响项目的实施；此外，创业项目与国家和地方的各种政策也息息相关，对创业的影响也不容忽视。故此，在这里分享一些国内运作较好的科技公司孵化器经验，用以参考和借鉴：
运营一个孵化器之前，首先要有明确的定位，做孵化器，还是加速器，还是孵化器和加速器都做；是做专业孵化器，还是综合孵化器。这些选择，对孵化器载体的规划、建设和应用都有很重要的影响。
清晰运营模式。孵化器的运营模式有很多，如“天使投资+创新产品构建”模式，“孵化+创投”模式，“平台建设+产业联盟”模式“创业导师+持股孵化”模式，“创业培训+天使投资”模式等等。运营一个孵化器，关键是根据真实的情况，选择比较适合自身的运营模式，并在实际运作中一直在优化，形成自身特色鲜明、管理优化、运营有方、价值放大的运营模式。
关键在于形成一套完善的利益共同体运作机制，充分孵化器内机制的优势。通过不断的组合优化，去粗取精，探索不同主体之间利益关系的衔接机制，建立畅通的“育苗造林”系统通道。在做强创业辅导、孵化培育的同时，积极向加速器拓展，推进毕业企业快速成长，为高速成长企业落地提供空间和延伸服务，形成孵化培育加速产业化的链式体系。同时，探索建立科技公司孵化器管理和激励体制。企业性质的孵化器要探索持股孵化，引入股权投资和激励等手段。
孵化器在招引创业企业和服务中介的时候，要注意分析不同产业价值链关键环节，有明确的目的性的引入价值链中关键环节的创业企业。同时考虑不同企业在价值链上的衔接，形成相互支持，相互促进。对服务中介的引入和合作也是如此。总之尽可能考虑有效提升发展速度、最大化资源整合和最快促进内生力的形成。
科技公司孵化器所做的一切都是围绕企业更好更快发展这个主题。要坚持“创业导师+专业孵化+天使投资”的孵化模式，推动孵化器从业人员由管理向服务的转型，增强解决在孵企业信息交流、研发支撑、成果商业化、产业关联度和协同发展的能力；推进科技公司孵化器创业导师行动，完善“联络员+辅导员+创业导师”的辅导体系建设，开展创业沙龙、创业诊断、创业导师接待日等日常化创业辅导活动，建立规范化的工作机制和管理制度。鼓励科技企业孵化器独立或联合创投机构设立创业投资基金，用于在孵企业的股权投资。
强化质量考核提升孵化效能在科技孵化器运营中，除了在招引价值链关键环节的企业做好文章的同时，对引进企业的过程管理、服务和考核至关重要。尤其是阶段性质量的检视与考核不可以忽视。对孵化企业的定期管理与考核，培优劣汰，通过种种等级制的考核与激励，更能体现孵化器运营价值和提升孵化效能。
一批专业的孵化器运营人员，对孵化器的运营事半功倍。要建立规范系统的运营管理人员培训机制，与高等院校合作共建科技创业培训中心，开办多层次的学历与非学历教育、培训班，重点加强对科技公司孵化器经营者和管理骨干的培训，提升从业人员的服务意识和能力。开办多层次的学历与非学历教育、培训班、研讨班，形成“点、线、面”多层次的培训体系，推动孵化器从业人员资质培训认定的制度化、常态化、联动化。
一批专业的孵化器运营人员，对孵化器的运营事半功倍。要建立规范系统的运营管理人员培训机制，与高等院校合作共建科技创业培训中心，开办多层次的学历与非学历教育、培训班，重点加强对科技公司孵化器经营者和管理骨干的培训，提升从业人员的服务意识和能力。开办多层次的学历与非学历教育、培训班、研讨班，形成“点、线、面”多层次的培训体系，推动孵化器从业人员资质培训认定的制度化、常态化、联动化。
孵化器进化的核心在于基金的建立或是资金对接，“没有基金的孵化器都是耍流氓”在创投圈里并不算一句空话。相对资金对接，基金的建立才是孵化器最大的亮点。孵化器可以是自有基金，也可以是外部合作创投基金。孵化器自有基金可以直接降低创业者获取资金的难度，孵化器与创业者之间的沟通更快捷高效，还能更加全面、深刻地了解创业者项目。此外，自有基金对创业项目的投资，能吸引更多外部基金的跟进合作，拓展整个孵化器的基金池，给孵化项目带来更多的外部合作资源与机会。
近年来科技孵化器在国内遍地开发，这是机遇，也是挑战。运营好一个孵化器，需要充分的发挥各方优势，才会脱颖而出达到多方共赢。