在各类孵化器运营过程中，因运营理念和商业模式的不同，服务与盈利模式也存在比较大差异。部分依靠收取场地租赁费用、孵化服务等服务作为经营成本来源。也有部分场地免费，依靠收取服务费用。然而，从总体运营效果来看，孵化器市场，如何平衡可持续性经营与现金流矛盾？商业模式如何走向成熟？企业孵化器的创新服务与可持续运营模式又是如何运营的？
目前创业者选择孵化器，最关注的就是创业辅导、场地租金、投资人对接等方面。
首先，孵化器可以最大限度实施免租、免费政策。同时，较大幅度降低孵化经营成本和费用（怎么来降低孵化运营服务成本，下一小节详细探讨），以增强项目入驻的吸引力、竞争力，遴选更多优质潜力项目进入（如同景区免去门票，在景区内设置多重层次个性化、针对性增值项目来实现一定创收），从而塑造深厚的创业文化氛围，提高成活率和孵化效率，才是取得较大成功的前提必要条件。
第一种方式，服务采购。传统孵化器基本都是组建各方面专业技术人员服务团队或者聘请各专业服务机构解决，其效率较低，成本比较高。事实上，创业咨询、政策咨询、财务服务、法律咨询、市场推广、技术咨询、专利服务、人才猎寻等都能够最终靠互联网商务服务专门提供。通过搭建“互联网+孵化运营服务体系”，使得孵化运营服务体系更精准灵活、效率提高，大幅度降低了孵化服务成本。
孵化器可调整财务策略，把更多财力、专业资源集中在选择更多优质潜力项目和提高“核心孵化能力”上面。同时，可有效提升孵化器的财务可持续能力，较大程度提升整体孵化能力和运营效率。
关于运用“互联网 + 关联专业服务“已有基本成型的商业模式原形态，可资提供创新整合孵化器服务体系架构。如：各种“智客”形态服务者、机构等。
第二种方式，自建。孵化器亦可自建基于“互联网+孵化运营服务体系”（如：O2O服务平台体系），特别是多子孵化器联合运营管控模式，效率更佳。
孵化器自建一个专业、高效的平台型服务团队架构体系（后台运作为主），通过该集控平台孵化服务体系向所属运营的分布全球各地的孵化器提供全方位实时服务。该平台功能模块构成依据研究孵化企业需求和孵化器提供的孵化服务模块构成。如：导师、媒体、法律、财务、政策、人资、融资、营销、企管、培训、技术、专利等专业子模块构成。
整合、组建一支由明星创业导师领衔主导的导师团服务专业实力团队。不但能起到孵化器的“明星效应”，极大提高孵化器的业界知名度、影响力和孵化运营实力。这一点是创业企业选择孵化的重点关注问题，更是孵化器业界影响力与竞争力重要体现。导师来源可以有有名的公司高管、业界影响力的专业技术人员，或者是天使投资机构专家等。
（一）孵化器与天使投资机构进行战略合作（孵化）或紧密联系。在项目筛选阶段就引入天使投资人介入，整合天使投资机构的专业孵化技术与管理经验和社会商脉资源，全程参与孵化过程。较大程度、加速提升孵化能力和项目成功率。同时，使得项目开始就直接对接投资机构。
（二）根据项目孵化发展，不定期牵头组织项目推介活动或投资机构的合作洽谈会，发挥孵化器的广泛的网络渠道资源，为项目创造更多对接投资机会，尽快实现项目成功融资。扮演融资中介及撮合交易的角色，推动项目孵化成功。
（一）常见的服务项目有：专属办公间、咖啡、简餐收费项目之外，可增加导入创业服务酒店概念。包括：定制适合创业者群体的简捷商务聚餐小宴厅、自助餐厅、创意休息酒店房间等增值服务。更加精细满足创业者的创业与生活需求，打造全方位创业高效环境。同时能增加一定收入，合理减小费用负担或基本覆盖运营成本。
（二）提供一对一导师服务特约项目或导师团会诊时间等系列增值服务。结合孵化项目定期评价或考核指标，设置孵化项目的资源配置清单和优先级别，形成孵化项目的服务资源优化配置机制。
（三）设立创业集中训练营活动。创业是一场充满风险、异常艰苦的长征旅程，是对创业团队意志、智慧、体力及执行力极大挑战，是对团队理解与包容、信任与支持、协调与配合、默契与奉献的残酷考验。定制创业者团队集中训练营活动必修课，对于创业者与团队树立坚定的信念、培养百折不挠的精神、运用高度智慧化解困难的能力有很重要的意义。一个信念坚定、卓有智慧、凝聚力强的优秀创业团队是创业成功的有力保证。就像一支优秀部队一样，一定要具有善于谋略、训练有素、能力过硬的队伍，才能战胜各种挑战与困难，最终取得成功。
绿天使集团是中国领先的专注于服务战略新兴领域，为快速成长的科技公司提供专业化产业升级服务的机构。以孵化基地为支点，调动、整合各方资源，为创业者打造一个环境优良的创业生态圈。绿天使集团目前推介已运营14个创业园区和18个产业园区，成立3支产业专项互助基金，孵化企业3000余家，已投资企业近60余家。通过在相关领域不断深耕，绿天使集团逐步形成以孵化+投资+加速+辅导上市的特色运营模式，打造链条式、专业化、行业集聚的产业示范园区。促进产业新模式、新业态、新技术的升级，推动战略新兴起的产业的加快速度进行发展，提升相关行业的产业化、科技化、国际化，助力行业整合，促进产业升级，打造链条式、专业化、行业集聚的产业示范园区，形成生态共享的产业集群。